对于不良的生态平衡，兴修水利工程本身就是对其进行良性改造，使之朝着有利于人类的健康方向发展。关键是我们在工程施工过程中，怎样尽最大努力去减小人类对其的不良影响。这就给工程的建设者们提出了以下任务：
（1）规划设计的前期，要切实搞好工程所在地水文资料的收集及地质条件的勘测。如大型蓄水库，重点是水文资料和地质构造，充分考虑大坝的防洪能力、稳定性以及避免地震的诱发。
（2）规划中还应设计一定的工程构造，以满足大坝流域内水生物的生活习性，减少库区淹没范围。
（3）施工阶段的任务：
①在施工承包合同的签订时，承包商对施工现场污染物的扩散和施工人员的劳动保护所应负的责任，应写进合同书内，要有环保措施，对各种污染物排放要限制在标准以内。
②施工前要在施工现场建立必要的环保监测机构，进行水质、大气、噪声的本底测定，便于和施工阶段不同时期的监测结果进行对比。
③施工人员进入工地后，还要建立卫生防疫机构，以避免施工期数万工人集中在一起，引起流行病的传播和扩散。这方面的教训，在我国大跃进时期的兴修水利中是十分深刻的。
（4）施工后期的任务。特别要对施工阶段破坏的植被景观及时恢复，制订工区的全面绿化规划，以保护已经形成的生态平衡。在工区范围内的生物圈内，研究生物资源的利用、保护和生产的合理方式，控制规划人群自身的发展，保持生物种群的恰当比例。
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